長門における捕鯨の歴史は、全国的にも早い時期とされる寛文12年（1672年）から始まりました。はじめに瀬戸崎（現：仙崎）浦の「鯨突き組」が長州藩に取り立てられ、翌年には「通鯨組」が、それ以降に長州藩直属の鯨組ができて「殿様組」とも呼ばれていました。くじらは温かい南の海で出産・子育てをするため、毎年秋から冬にかけて日本海を南下します。そのため、長門のあたりを通過する時がくじらの漁期となっていました。長門で捕鯨が行われていた地域は、川尻や通、黄波戸など北浦沿岸で、川尻地域だけで、捕鯨を始めた元禄11年（1698年）から、終末の明治43年（1910年）までの約200年間に、2,800頭以上捕獲したことが「鯨鱗之霊」という碑に記されています。明治年代の後期になると銃殺捕鯨（手持ちの火器・銃でボンブランス（炸裂弾）を撃ち込んで捕獲する）が始まり、対馬海峡などの沖合いで漁が展開されるようになりました。これによってくじらの頭数は激減し、沿岸へ寄ってくるくじらも少なくなったため、長門での古式捕鯨の歴史は明治43年（1910年）に幕を閉じたのです。

捕獲したくじらの中には、おなかに胎児（赤ちゃん）がいるくじらもいました。その姿を見た漁民は胎児の供養をするようになり、延宝7年（1679年）には、向岸寺の讃誉上人によってくじらを弔う清月庵（観音堂）が建てられました。元禄5年（1692年）には、鯨墓を建てて胎児を埋葬し、捕獲したくじら一頭一頭に戒名をつけ、鯨鯢過去帖に記しています。元禄5年（1692年）から書き続けられている向岸寺所蔵の鯨鯢過去帖には、命日や戒名のほかに、捕獲年月や鯨種、捕獲場所、体長、捕獲鯨組が記され、「命の大切さ」を今の世に伝えています。

長門は、「長州・北浦捕鯨」をもって、4大古式伝統捕鯨地の一つとして知られていましたが、明治時代末になると、外国の進んだ捕鯨技術に影響され、近代化への対応を迫られました。この時期に登場したのが、「日本の近代捕鯨の父」と称される、岡十郎と山田桃作です。阿武町奈古出身の岡十郎は、明治32年（1899年）にノルウェーに渡り、捕鯨砲を使った近代捕鯨術を学び、長門市三隅出身の山田桃作と長門に本社を置く日本遠洋漁業株式会社を設立しました。

長門での古式伝統捕鯨が姿を消して100年以上がたちますが、くじらへの感謝と弔いの心から、今でも毎年、鯨回向の法要が行われています。平成4年（1992年）には、鯨墓建立300年を記念した「通くじら祭り」が開催され、以後は年中行事になりました。この祭りで歌われる、労働歌であり、祝い歌でもある「鯨唄」は、太鼓のほかに鳴り物や手拍子を打つことはありません。合掌のかたちのもみ手で、哀れみ、祈るかのように歌われます。くじらへの哀れみと畏敬の念は、地元の小・中学校の子どもたちに受け継がれるだけでなく、保存会によって守られています。

出土された鯨骨の化石や、弥生時代に鯨骨で作られたアワビオコシ（下関市立考古博物館所蔵）から、下関とくじらは太古から関わりがあったことがわかっています。また、本格的な関わりが見られるようになったのは、海上交易が盛んになった江戸時代からです。下関は問屋を中心とする商業が盛んだったことから、くじらを捕獲するのではなく、捕鯨をする鯨組に資金の提供や資材の補給をしたほか、流通と消費地としての役割を果たしていました。長門で捕鯨が盛んだった頃には、下関の商人が資金を提供したり、鯨油や、肥料になる鯨骨や皮を北国への積荷として北前船で扱っていました。幕末に高杉晋作による奇兵隊を支援していた白石正一郎も薩摩（鹿児島）に鯨骨を販売していました。

太平洋戦争中、捕鯨は中断されていましたが、戦後は食糧不足の解消と動物性タンパク質の確保を急いだため、昭和21年（1946年）に再開されました。第一船は下関の唐戸港から小笠原へ向けて出港し、翌年からは南氷洋捕鯨が再開されました。プロ野球の球団「大洋ホエールズ」（現在の横浜DeNAベイスターズの前身）や女性吹奏楽団「ペンギンシスターズ」などが誕生したほか、下関最大の祭り「みなと祭り」では大きなくじらの山車が市中を練り歩き、くじら料理専門のレストランも営業されるなど、下関はくじらによって戦後復興をとげたといえるほど繁栄し、「くじらの街・下関」という名称さえありました。 これは、昭和30年代から40年代にかけて、下関に水揚げされたくじら肉が、最高で2万トンにも達していたこと、そして、捕鯨船の造船など水産関連産業が栄えていたことによるものでした。しかし、南氷洋では、世界の国々がくじらを競って捕獲したため、生息数は激減し、昭和62年（1987年）に、ついに商業捕鯨一時休止という事態を迎えたのです。